Im Säugetierorganismus wird Essigsäureethylester (1) sehr rasch durch Esterasen zu Essigsäure (2) und Ethanol (3) abgebaut. Der gleiche Abbauweg für Essigsäureethylester ist für Mikroorganismen anzunehmen. Essigsäure (2) ist ein normales Zwischenprodukt in Zellen, das in den Stoffwechsel integriert werden kann.
Weiterer Abbau von Ethanol (3) siehe Metabolismusseite für Ethanol.