2,6-Dinitrotoluol (1) kann im Säugetierorganismus einerseits durch die Darmflora an einer Nitrogruppe zum entsprechenden Amin reduziert werden (3). Dieses Amin (3) oder auch 2,6-Dinitrotoluol (1) selbst werden an der Methylgruppe durch Cytochrom P450 hydroxyliert. Die dabei gebildeten Benzylalkohole (2) und (4) können dann mit Glucuronsäure konjugiert ausgeschieden werden (6) und (8). Auch eine Oxidation der Benzylalkohole - analog zum Metabolismus von 2,4-Dinitrobenzol - zur jeweiligen Benzoesäure (9) bzw. (10) erfolgt. 2-Amino-6-nitrotoluol (3) wird in der Leber entweder N-acetyliert (7) und aus dem Körper ausgeschleust oder durch Cytochrom P450 an der Aminogruppe zum Hydroxylamin (5) oxidiert, das dann an Makromoleküle binden könnte.