Theoretische Vorhersage: Der Metabolismus von Anthrachinon ist zwar experimentell nicht untersucht, theoretisch lässt sich aber ein analoges Abbauverhalten wie beim Anthracen voraussagen. Anthrachinon (1) kann voraussichtlich durch Cytochrom P450 zum entsprechenden 1,2-Epoxid (2) oxidiert werden, das entweder durch die Epoxidhydrolase zum 1,2-Dihydro-9,10-dioxoanthracen-1,2-diol (3) hydrolysiert wird oder zum phenolischen 2-Hydroxyanthrachinon (5) isomerisiert. Beide Produkte können dann mit Glucuronsäure oder Sulfat konjugiert (4) und (6) aus dem Körper ausgeschieden werden.
Weiterer Abbau von 2-Hydroxyanthrachinon (5) siehe Metabolismusseite von 2-Hydroxyanthrachinon.