Im Säugetierorganismus findet eine Metabolisierung von tert-Butylmethylether (1) durch Cytochrom P450 mit Spaltung des Ethers in Formaldehyd (2) und tert-Butanol (3) statt.
Zum weiteren Abbau von Formaldehyd siehe Metabolismusseite von Formaldehyd.
Zum weiteren Abbau von tert-Butanol (3) siehe Metabolismusseite von tert-Butanol. Auch eine der Methylgruppen könnte durch Cytochrom P450 zu 2-Methoxy-2-methyl-1-propanol (4) hydroxyliert werden. Eine anschließende Etherspaltung würde zu 2-Methyl-1,2-propandiol (5) führen, während eine weitere Reaktion unter Beteiligung der Alkoholdehydrogenase und der Aldehyddehydrogenase zur 2-Methoxyisobuttersäure (6) führen würde, die auf Grund ihrer Strukturähnlichkeit zur bekanntermaßen fortpflanzungsschädigenden Methoxyessigsäure für die bei hohen Dosen beobachteten fortpflanzungsschädigenden Wirkungen von tert-Butylmethylether (1) verantwortlich sein könnte.