Die Metabolisierung von Cyclohexan (1) im Säugetierorganismus findet im Wesentlichen über hydroxylierte Derivate statt, die konjugiert (4) und frei (2) im Urin ausgeschieden werden. Das zunächst entstehende Cyclohexanol (2) kann durch Alkoholdehydrogenasen weiter zum Cyclohexanon (3) oxidiert werden. Cyclohexanon (3) kann bei der Metabolisierung durch Mikroorganismen teilweise einer Ringöffnung unterliegen, wobei Adipinsäure (5) entsteht. Cyclohexanol (2) oder ein Folgeprodukt wirkt spermatotoxisch und nephrotoxisch.