Im Säugetierorganismus findet eine Metabolisierung von Diethylether (1) durch Cytochrom P450 unter Spaltung des Ethers in Ethanol (2) und Acetaldehyd (3) statt. Ethanol (2) wird durch Alkoholdehydrogenase ebenfalls zum Acetaldehyd (3) weiteroxidiert, der sich durch Aldehyddehydrogenase leicht zur Essigsäure (4) oxidieren lässt. Essigsäure ist ein normales metabolisches Produkt des Zellstoffwechsels. In Mikroorganismen verläuft der Abbau sehr ähnlich. Auch hier ist Essigsäure (4) das von den Zellen verwertbare Endprodukt. Theoretisch könnte auch eine Hydroxylierung einer endständigen Methylgruppe durch Cytochrom P450 zu 2-Ethoxyethanol (5) erfolgen, die jedoch nicht nachgewiesen ist. Eine weitere Reaktion unter Beteiligung der Alkoholdehydrogenase und der Aldehyddehydrogenase könnte zur 2-Ethoxyessigsäure (6) führen würde, die fortpflanzungsschädigende Wirkungen hat. Dieser noch nicht nachgewiesene Metabolit könnte für die bei hohen Dosen von Diethylether beobachteten fortpflanzungsschädigenden Wirkungen verantwortlich sein.