Die Biotransformation von n-Hexan (1) bei Säugetieren läuft überwiegend in der Leber ab, wobei als Hauptprodukt 2-Hexanol (2) entsteht - in vitro zumindest wurden auch 3-Hexanol (3) und 1-Hexanol (4) nachgewiesen. 2-Hexanol kann durch die Alkoholdehydrogenase zum 2-Hexanon (6) oder durch eine zweite Oxidation mit Cytochrom P450 zum 2,5-Hexandiol (5) umgewandelt werden. Diese beiden Produkte werden dann weiter oxidiert zum 5-Hydroxy-2-hexanon (7), aus dem schließlich der neurotoxische Metabolit 2,5-Hexandion (8) gebildet wird. Durch weitere Oxidation mit Hilfe von Cytochrom P450 kann auch 1,5-Dihydroxy-2-hexanon (9) oder 4,5-Dihydroxy-2-hexanon (10) entstehen, das zusammen mit 2,5-Hexandion als Parameter zur Messung der n-Hexanexposition in der Arbeitsmedizin verwendet wird. 1,5-Dihydroxy-2-hexanon (9) kann nach Oxidation zur Carbonsäure und Decarboxylierung zum im Urin von Menschen nachgewiesenen gamma-Valerolacton (12) cyclisiert werden. Alle hydroxylierten Verbindungen können auch als Konjugate mit Glucuronsäure oder Sulfat im Urin ausgeschieden werden (im Schema nicht gezeigt).