El acetoacetato de etilo (1) es hidrolizado en el organismo de los mamíferos por esterasas inespecíficas a etanol (3) y ácido acetoacético (2). El ácido acetoacético (2) es un metabolito intermedio normal en las células a partir del metabolismo de los ácidos grasos y por tanto puede ser degradado totalmente. Si se encuentra presente en la célula en cantidades más elevadas, es posible la reducción reversible del ácido acetoacético (2) a ácido 3-hidroxibutírico (4) así como la descarboxilación a acetona (5). Las mismas rutas metabólicas estan presentes probablemente en los microorganismos.
Para la degradación posterior de la acetona (5) ver la página del metabolismo de la acetona. Para la degradación posterior del etanol (3) ver la página del metabolismo del etanol.