El 2,6-dinitrotolueno (1) puede ser reducido en uno de los dos grupos nitro (3) por la flora intestinal de los mamíferos. Esta amina (3) así como el 2,6-dinitrotolueno (1) pueden ser hidroxilados por el citocromo P450 en el grupo metilo para dar los alcoholes bencílicos sustituidos (6) y (8). De forma análoga a la ruta metabólica para el 2,4-dinitrofenol los alcoholes bencílicos pueden oxidarse a los ácidos benzoicos sustituidos (9) o (10). El 2-amino-6-nitrotolueno (3) puede N-acetilarse en el hígado a (7) y excretarse o ser hidroxilado en el grupo amino por el citocromo P450. La hidroxilamina resultante (5) puede reaccionar con macromoléculas biológicas y producir cancer.