Predicción teórica: Aunque aún no se ha estudiado el metabolismo de la antraquinona en mamíferos, puede anticiparse una ruta metabólica análoga a la del antraceno. La antraquinona (1) puede ser oxidada por el citocromo P450 al correspondiente 1,2-epóxido (2), que o bién es hidrolizado por una epóxidohidrolasa a 1,2-dihidro-9,10-dioxoantraceno-1,2-diol (3) o se isomeriza a 2-hidroxiantraquinona (5). Ambos productos pueden excretarse en orina como conjugados con el ácido glucurónico o con sulfato (4) y (6).
Para una degradación posterior de la 2-hidroxiantraquinona (5) ver la página del metabolismo de la 2-hidroxiantraquinona.