El primer paso del metabolismo del tert-butil metil eter (1) en mamíferos supone la ruptura del eter por el citocromo P450 para dar formaldehido (2) y tert-butanol (3).
Para la degradación posterior del formaldehido (2) ver la página del metabolismo del formaldehido.
Para la degradación posterior del tert-butanol (3) ver la página del metabolismo del tert-butanol. Además, uno de los grupos metilo puede ser hidroxilado por el citocromo P450 para dar 2-metoxi-2-metil-1-propanol (4). Este metabolito puede romperse por la unión éter para dar 2-metil-1,2-propanodiol (5). Otra ruta con participación de alcoholdeshidrogenasa y aldehidodeshidrogenasa podría conducir al ácido 2-metoxi-isobutírico (6), que posee una similitud estructural con la conocida toxina reproductora ácido metoxiacético. Este metabolito puede ser el responsable de la toxicidad reproductora del tert-butil metil eter (1) en dosis elevadas.