El metabolismo del ciclohexano (1) en los organismos de los mamíferos supone principalmente la formación de derivados hidroxilados, que pueden eliminarse en la orina en forma libre (2) o conjugada (4). El primer metabolito, el ciclohexanol (2), puede volverse a oxidar por alcoholdeshidrogenasas a ciclohexanona (3). La ciclohexanona (3) puede ser metabolizada por bacterias con apertura del anillo para formar ácido adípico (5). El ciclohexanol (2) o un metabolito posterior es tóxico para los espermatozitos y puede dañar al hígado.