Nei mammiferi, il primo passaggio della degradazione del tert-butil metil etere (1) coinvolge la rottura della funzione eterea da parte del citocromo P450 con formazione di formaldeide (2) e tert-butanolo (3).
Per il meccanismo di degradazione della formaldeide (2), si rimanda alla pagina corrispondente.
Uno dei gruppi metilici potrebbe, inoltre, essere ossidrilato da parte del citocromo P450 fino a dare 2-metossi-2-metil-1-propanolo (4); questo metabolita potrebbe quindi essere rotto in corrispondenza della funzione eterea, fornendo 2-metil-1,2-propandiolo (5); un percorso alternativo per questo metabolita è rappresentato dall'ossidazione enzimatica (alcol deidrogenasi e aldeide deidrogenasi) ad acido 2-metossiisobutirrico (6), che presenta un'analogia strutturale con l'acido metossiacetico, noto per la sua tossicità nei confronti della riproduzione; l'acido 2-metossiisobutirrico (6), quindi, potrebbe essere il metabolita responsabile della tossicità per la riproduzione (se somministrato in alte dosi) del tert-butil metil etere (1).