La metabolizzazione del cicloesano (1) nei mammiferi coinvolge spesso i suoi derivati ossidrilati, che possono essere espulsi insieme alle urine, sia inalterati (2), sia derivatizzati (4). Il primo metabolita cicloesanolo (2) può essere ulteriormente ossidato da un enzima (alcol deidrogenasi) a cicloesanone (3): quest'ultimo può essere metabolizzato dai batteri tramite apertura dell'anello e formazione dell'acido adipico (5). Il cicloesanolo (2) e i suoi metaboliti sono tossici per gli spermatociti e possono causare danni ai reni.