La biotransformación del n-hexano (1) en los mamíferos tiene lugar prioritariamente en el hígado y proporciona 2-hexanol (2) como metabolito principal. In vitro se han aislado también 3-hexanol (3) y 1-hexanol (4). El 2-hexanol puede oxidarse por una alcoholdeshidrogenasa a 2-hexanona (6) o ser hidroxilado por una segunda unidad de citocromo P450 cque cataliza la reacción de transformación en 2,5-hexanodiol (5). El diol (5) y la 2-hexanona (6) pueden oxidasrse posteriormente a 5-hidroxi-2-hexnanona (7), que es el precursor inmediato de la 2,5-hexanodiona (8) neurotóxica. La oxidación posterior con el citocromo P450 puede proporcionar 1,5-dihidroxi-2-hexanona (9) o 4,5-dihidroxi-2-hexanona (10), que son usadas ambas como parámetros médicos para controlar la exposición del hombre al n-hexano. Después de varias oxidaciones y una descarboxilación la 1,5-dihidroxi-2-hexanona (9) puede transformarse en gamma-valerolactona (12), que se ha detectado en orina humana como metabolito del n-hexano. Todos los compuestos hidroxilados pueden excretarse también en orina como conjugados con glucurónido o sulfato (no indicado en el esquema metabólico).